Comme le médecin de contrôle (art.101 ), le médecin expert est soumis à l'ensemble du code de déontologie et doit se récuser si sa mission l'expose à contrevenir à certaines de ses dispositions (art.46 ).
Il doit aussi se récuser si sa qualification et ses connaissances médico-légales (techniques de l'expertise, cadre juridique) ne lui permettent pas de mener à bien la mission qui lui est confiée.