Le médecin, convaincu de la nécessité d'une mesure thérapeutique, peut se heurter à l'opposition des parents ou à la divergence de leurs avis. Il est obligé de respecter la volonté des parents, mais pas au point de commettre des fautes lourdes au détriment du jeune malade, sans avoir tout tenté pour les convaincre.
L'autorité parentale est donnée par la loi (art. 371 -2 du code civil) "pour protéger l'enfant dans sa sécurité, sa santé et sa moralité". Les parents ont des droits, non pas tant sur leur enfant que pour leur enfant. Les devoirs des parents sont plus importants que leurs droits.
En cas de refus de soins, le médecin insiste et doit placer les parents devant leur responsabilité. Il propose une consultation avec un autre médecin, tente de l'imposer. S'il échoue, il peut refuser de continuer à donner ses soins, mais il ne se désintéresse pas du sort de l'enfant.
Dans des cas exceptionnels, par exemple devant une péritonite appendiculaire et des parents qui refusent l'intervention, devant une méningite et des parents qui refusent la ponction lombaire, le médecin, à ses risques et périls, pourra passer outre et intervenir. Cette attitude, prise dans l'intérêt vital de l'enfant, ne saurait lui être reprochée.
Dans ces cas difficiles, il appartient au médecin de rédiger par écrit un compte rendu :
- précisant les données de l'examen médical et les conclusions thérapeutiques qui en découlent,
- relatant les mesures d'information éclairées et précises prises par le praticien, au besoin accompagné dans sa démarche par d'autres membres de l'équipe médicale,
- et de l'adresser à son conseil départemental.
Certaines sectes sont opposées à des pratiques médicales usuelles (transfusion, vaccinations par exemple). Le médecin doit s'assurer que certaines techniques, certains solutés de remplacement sont insuffisants et, lorsque la vie de l'enfant est en danger, le médecin doit tout entreprendre pour tenter d'obtenir, sinon le consentement, du moins "la non-opposition" des parents. Le médecin doit s'attacher à soulager les parents d'une décision qu'ils répugnent à prendre car elle heurte leurs convictions.
S'il échoue, il avise le procureur de la République qui saisira le juge des enfants pour que celui-ci prenne une mesure d'"assistance éducative temporaire" permettant au médecin d'agir comme il convient.